در نقطه دور افتادهای از کهکشان اعضای یک سفینه فضایی که همگی کلون هستند، به دنبال کشف بهشتی گمشده و ثبت نشده میگردند و در حالی که در سیاره جدید آنها با «دیوید» ملاقات میکنند، دنیای مرموزی که اطرافشان را فرا گرفته است، رفته رفته تاریک و خطرناکتر میشود تا اینکه...
تیمی از دانشمندان برای تحقیق در مورد منشاء حیات انسان با سفینه ای بنام «پرومتئوس» در کائنات سفر می کنند. طولی نمی کشد که این تیم در دنیایی بیگانه گرفتار می شوند، و در هنگام تلاش برای فرار از آن، در میابند که نه تنها جان آن ها، بلکه کل بشر در خطر است…
«ژنرال پرز»، فرمانده فضاپيمای «اوريگا»، باکمک هفت افسر دانشمند و چهل و دو خدمه در پي استفاده از «بيگانه» هاست. «الن ريپلي» دويست سال پيش با فداکردن جان خود جلوي تکثير «بيگانه» ها را گرفته است، اما حالا در اوريگا از طريق نمونه هاي خوني که از او باقي مانده، شبيه سازي مي شود تا به يک «ملکه ي بيگانه» دسترسی پيدا کنند.
سفینه ی «نوسترومو» برای انجام پژوهش های فضایی به کهکشان فرستاده و یکی از سرنشینان آن به نام «کین» (هرت) ناخواسته باعث ورود موجودی ناشناخته به درون سفینه می شود. موجودی که خیلی سریع رشد می کند و به نظر می رسد هدفی جز کشتار و نابودی نداشته باشد..
پس از ۵۷ سال شناور بودن در فضا، سفینه «ستوان ریپلی» توسط یک تیم نجات در فضا پیدا میشود اما هنگامی که تیم نجات وارد سفینه میشوند، متوجه میشوند که در این سفینه تنها یک دختر نه ساله زنده است اما در ادامه همه چیز به خوبی پیش نمیرود و...
بعد از گریختن از سیاره بیگانگان، سفینه ی «الن ریپلی» هم در آن است، در یک معدن سقوط می کند. ریپلی می فهمد که یک موجود بیگانه که بطور مخفیانه وارد سفینه شده، علت سقوط بوده است. این موجود بیگانه شروع به کشتن ساکنان معدن می کند، اما ریپلی نمی داند که دشمن اصلی او چیزی بیشتر از این موجود بیگانه است.